Me Agjencinë për zbulim  udhëheq drejtori të cilin e emëron dhe e shkarkon Kryetari i Republikës së Maqedonisë. Drejtori emërohet me mandat  katër vjeçar.  Për punën e tij dhe punën e Agjencisë drejtori i përgjigjet  Kryetarit të Republikës së Maqedonisë.

Drejtori i Agjencisë është anëtar i Këshillit të sigurisë.

Qeveria e Republikës së Maqedonisë mund të kërkojë përgjëgjësi nga Drejtori për punën e Agjencisë për zbulim. Drejtori i Agjencisë miraton akt për organizimin dhe punën si dhe për sistematizimin e vendeve të punës në Agjenci pasi të ketë marrë pëlqim nga Qeveria e Republikës së Maqedonisë.