Со Агенцијата за разузнавање раководи директор кој го именува и разрешува Претседателот на Република Македонија. Директорот се именува за време од четири години.

За својата работа и работата на Агенцијата, директорот му одговара на Претседателот на Република Македонија. Директорот на Агенцијата е член на Советот за безбедност.

Владата на Република Македонија може да побара одговорност од директорот за работата на Агенцијата за разузнавање. Директорот на Агенцијата донесува акт за организација и работа и за систематизација на работните места на Агенцијата по претходно добиена согласност од Владата на Република Македонија.